Unité mixte de recherche Mycoplasmoses animales du laboratoire de Lyon
Les missions de l’UMR MYCO sont la recherche et la formation par la recherche dans le domaine de la mycoplasmologie chez les animaux, avec un savoir-faire historique pour les mycoplasmes des ruminants. À cela s’ajoutent des missions d’expertise et de référence propres à l’Anses, ainsi que des missions d’enseignement propres à VetAgro Sup. Les travaux scientifiques de l’UMR portent sur l’étude de la biodiversité des bactéries du genre Mycoplasma et l’expression clinique des maladies associées.
Les activités de surveillance
L’UMR pilote le réseau Vigimyc, sur les mycoplasmoses des ruminants. Outre ses missions d’épidémiosurveillance, d’épidémiovigilance vis-à-vis de mycoplasmoses exotiques et d’aide au diagnostic auprès des laboratoires d’analyse vétérinaires, le réseau assure l’entretien d’une collection de souches de mycoplasmes sur laquelle s’appuient de nombreux projets de recherche.
Les activités de recherche
Les projets de recherche de l’UMR MYCO portent essentiellement sur la diversité et l’antibiorésistance des mycoplasmes animaux, ainsi que sur la virulence et l’émergence de ces mycoplasmes.
Les activités de recherche de l’unité sont essentiellement finalisées, visant à établir des liens structurants entre les observations cliniques (évolution des maladies, usages thérapeutiques, incidence économique et épidémiosurveillance) et la caractérisation des agents pathogènes (identification, polymorphisme génétique, antibiorésistance, virulence). Les relations étroites de l’UMR MYCO avec les filières de production, les laboratoires de diagnostic, les praticiens vétérinaires et les organisations professionnelles sanitaires sont garantes d’une recherche au service de la santé animale.
Les projets de recherche plus fondamentaux sont le plus souvent conduits en collaboration avec des partenaires universitaires et des organismes de recherche, notamment à travers le co-encadrement de thèses de doctorat.
Depuis 2020, l’UMR MYCO co-construit dans le cadre d’un partenariat avec Inrae un savoir-faire sur les modèles cellulaires pour étudier la physiopathologie des infections à mycoplasmes. À moyen terme, ces modèles seront utilisés pour étudier l’antibiorésistance dans des conditions plus proches du vivant. De même, avec le développement de projets basés sur le séquençage haut débit, il est envisagé d’adosser une surveillance génomique (détection de souches atypiques, définition de marqueurs d’espèces ou de virulence, suivi de ces marqueurs dans le temps…) au réseau d’épidémiosurveillance Vigimyc.
Projets de recherche phares de ces cinq dernières années et en cours
MYCOPAB (2020-2023)
Les mycoplasmes dans les affections respiratoires du cheval : les espèces impliquées, leur prévalence et leur résistance aux antibiotiques
Financement : Institut français du cheval et de l’équitation, fonds Éperon, groupement d’intérêt scientifique Centaure, y compris thèse de doctorat
Partenaire : pôle d’analyse et de recherche de Normandie LABÉO
Le projet Mycopab comprend trois objectifs interconnectés : développer des outils d’identification des mycoplasmes équins présents au niveau de l’appareil respiratoire et des outils de détection, si possible quantitatifs, adaptés à l’étude de la prévalence et au diagnostic en routine ; déterminer le profil de résistance aux antibiotiques des souches isolées et les mécanismes moléculaires sous-jacents et enfin faire de l’épidémiologie comparée, en distinguant les espèces de mycoplasmes impliquées dans la maladie ou les baisses de performances sportives de celles uniquement présentes de façon asymptomatique.
MYCO3D_LUNG (2020-2023)
Respiratory mycoplasma infection, role of the resident microbiota and chemotherapy control : what could we learn using different respiratory epithelium models in vitro
Financement : Fondation en infectiologie FINOVI
Partenaire : UMR Infections virales et pathologie comparée (Ecole pratique des hautes études/Inrae/université de Lyon)
Ce projet propose de s’appuyer sur différents modèles cellulaires (du plus simple au plus complexe : lignées cellulaires, épithélium en interface air-liquide, organoïdes) pour comprendre la physiopathologie des infections respiratoires à M. bovis. Les processus d’adhésion et d’invasion des cellules par les mycoplasmes ainsi que la réponse des cellules à ces infections sont notamment étudiés, en présence ou non d’une co-infection et/ou d’antibiotiques.
EXOVIR (2021-2024)
Le sécrétome des mycoplasmes animaux : comparaison interespèces, rôle dans le pouvoir pathogène et application au diagnostic
Financement : Anses, agglomération de Saint Brieuc et Conseil Départemental des Côte d’Armor
Partenaires : unité MBA, du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses
Des travaux antérieurs ont démontré que, malgré leur apparente simplicité, les mycoplasmes possèdent un sécrétome (ensemble des éléments sécrétés à la surface des bactéries ou libérés dans l'environnement) complexe (polysaccharides capsulaires et exopolysaccharides, exoprotéines, vésicules extracellulaires) qui joue très certainement un rôle important dans l’interaction avec l’hôte. Le projet Exovir ambitionne de compléter les données descriptives du sécrétome chez les mycoplasmes de ruminants, élargies à d’autres hôtes animaux. L’universalité de certains composants permettra de poser une approche de la virulence dite « tout mycoplasme », ciblant des marqueurs de virulence du sécrétome retrouvés quelle que soit l’espèce mycoplasmique, et à plus long terme d’envisager l’intérêt de certains éléments du sécrétome pour les stratégies vaccinales.
MyMIC (2023-2025)
Partenaires : 15 pays européens et 3 pays tiers sont engagés dans cette collaboration, soit un total de 50 scientifiques
Financement : ANR
MyMIC est un projet de « networking » européen financé par l’ANR dans le cadre de l’appel à projet JPI-AMR (Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance). Il vise la construction d’un réseau d’échanges sur les bonnes pratiques et l’harmonisation méthodologique en matière de diagnostic et de détermination de la résistance aux antibiotiques des mycoplasmes animaux d’intérêt vétérinaire.
DIAMS (2023-2025)
Faisabilité d’une détermination au fil du diagnostic de l’antibiorésistance des mycoplasmes des ruminants.
Financement : Direction générale de l’alimentation, dans le cadre du plan EcoAntibio.
Partenaires : Labocea35 (bovins), Aveyron Labo (ovins), Qualyse (caprins).
Les méthodes phénotypiques rapides d’évaluation de l’antibiorésistance (antibiogramme ou E-test) ne sont pas applicables aux mycoplasmes. L’Anses utilise la détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) par dilution en milieu gélosé dans le cadre des activités de surveillance du réseau Vigimyc. Cette technique est fastidieuse, non automatisable et inadaptée à une analyse au fil du diagnostic. Ce projet a pour objectif de :
- Mettre au point, optimiser et valider les performances et la robustesse de la détermination des CMI par microdilution dans un format compatible avec la routine des laboratoires vétérinaires de diagnostic (LVD).
- Faire un état des lieux des derniers développements en matière de méthodes moléculaires et/ou génomiques pour l’évaluation de l’antibiorésistance des mycoplasmes et évaluer la faisabilité de leur déploiement dans les LVD.
MYTROUC (2021-2024)
Évaluation du rôle des mycoplasmes vaginaux dans les troubles de la reproduction de la chienne
Partenaires : équipe Neocare (ENVT, financeur), CERREC (VetAgro Sup) et à plus long terme les autres écoles nationales vétérinaires françaises
Depuis 2020, l’UMR a élargi ses thématiques scientifiques à des espèces de mycoplasmes pathogènes chez les animaux, hors porcs et aviaires, couverts par le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort. Le projet consiste à déterminer l’implication des mycoplasmes dans les troubles de la reproduction chez la chienne (échecs de gestation et mortalité chez les chiots), avec l’identification des espèces de mycoplasmes présentes et la corrélation entre présence/abondance de ces espèces avec le statut clinique de l’animal. Le développement d’outils permettant l’étude des espèces présentes est nécessaire, grâce à des analyses bioinformatiques sans a priori. L’échantillonnage est réalisé dans un premier temps sur des chiennes venant en consultation dans les écoles vétérinaires partenaires. Le projet sera ensuite élargi aux deux autres écoles nationales vétérinaires françaises. À plus long terme, l’analyse de l’antibiorésistance des mycoplasmes isolés sera réalisée.